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RNA干扰靶序列设计

RNA干扰靶序列设计的方法最初由Elbashir et.al 2001发表。之后由于发现了RISC与siRNA结合的偏好，设计干扰效果优秀的siRNA的成功率大大增加。我们主要采用Pei and Tuschl（N2[CG]N8[AUT]N8[AUT]N2）发表的设计原则进行设计。对初步筛选出的所有符合条件的序列进行siRNA正义和反义链自由能计算，评估对RISC的亲和力。评估通过的siRNA进一步进行BLAST比对。与非靶基因有较高同源性的序列将有可能产生非特异的干扰效果（off-target effect），这样的序列将在这一步被去除。剩下的序列即备用RNA干扰序列。根据我们的大量实验经验，我们设计的3条siRNA干扰序列中至少有一条干扰效果大于70%。

设计步骤：

1、用Pei and Tuschl原则对靶基因mRNA序列进行分析，初步筛选出符合要求的序列。

2、siRNA正义链和反义链结合能力评估。去除正义链优先结合RISC的序列和过于稳定的siRNA（不易于RISC结合）。如果正义链的自由能大于反义链，一般认为RISC将优先与正义链结合，导致对靶基因的干扰效率下降以及off-target发生的可能性增加。同样的，高度稳定的siRNA比不太稳定的siRNA更难于RSIC结合，因此更难产生良好的RNA干扰效果。

3、BLAST比对，保留特异性高的siRNA。挑选出的siRNA将与相应物种的mRNA数据库进行比对。所有与任何非靶序列匹配度大于等于15个碱基的siRNA序列将被去除。

4、剩下的备选序列将通过GC含量，二级结构，shRNA终止信号等筛选。最后得到的序列将推荐给客户。

设计举例

1、输入mRNA序列

2、siRNA评估

3、BLAST筛选siRNA靶序列