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circRNA慢病毒表达载体
慢病毒circRNA表达载体用于在细胞中稳定表达目的circRNA。使用时将环状RNA序列克隆到载体中,包装为慢病毒,再用病毒感染目的细胞。通过抗生素或者荧光筛选,筛选出稳定表达目的circRNA的细胞株。
产品特点:
* 环化效率高达90%
* 在细胞中稳定表达
* 有多种标签可供选择
* 与现有慢病毒包装系统匹配
载体图谱:
VL3531 | VL3532 |
|
|
VL3533 | VL3534 |
环化方式说明:
SCR1和SCR1 RC为反向互补序列。RNA转录后,SCR1和SCR1 RC相互匹配,形成双链结构,促使RNA产生环化:
根据我们的对载体产生的环状RNA进行PCR测序结果,该载体的环化RNA有以下特征:(1)载体上的MluI和XhoI位点环化后一般会保留。(2)MluI位点之前的2-9个碱基可能保留,数量可变,多数在7个以下。
插入片段设计:
对于由外显子组成的circRNA,推荐采用以下方法设计:
设计举例(环状RNA由外显子2、3构成):
在circRNA两端保留部分相邻的内含子序列可以通过生物的内含子剪切机制,获得和预期完全一致的由外显子组成的circRNA。
内含子剪切是一个逐渐进行的过程。进行qPCR检测或者circRNA测序均可观察到含有内含子和不含内含子的两种环状RNA存在。由于不同内含子的剪切效率和速度不同,二者的比例有不同。
典型的含内含子的circRNA qPCR检测溶解曲线:
pLV-circ-puro | |
---|---|
VL3534 | pLV-circ-tagRFP(2A)puro |
VL3535 | pLV-tagRFP-Actin |
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